Alphacedratvirus

Alphacedratvirus
MET d'un virion de
l'A. aljazairmassiliense A11
Classification
Domaine Varidnaviria
Règne Bamfordvirae
Phylum Nucleocytoviricota
Classe Megaviricetes
Ordre Pimascovirales
Famille Pithoviridae

Sous-famille

Orthocedratvirinae
(Bertelli et al., 2017) ICTV, 2024

Genre

Alphacedratvirus
(Andreani et al., 2016) ICTV, 2023

Espèces de rang inférieur

  • Alphacedratvirus aljazairmassiliense
  • Alphacedratvirus brasiliense
  • Alphacedratvirus francolausannense
  • Alphacedratvirus rossiense

Alphacedratvirus (ex Cedratvirus) est un genre de virus géant de la famille des Pithoviridae, sous-famille des Orthocedratvirinae[1].

Les membres du genre Alphacedratvirus possèdent des virions ovoïdes et se distinguent des membres du groupe frère des Alphapithovirirus par leur enveloppe à deux couches[2].

Le premier représentant connu de ce genre, Cedratvirus A11 (espèce Alphacedratvirus aljazairmassiliense), a été décrit en 2016 par Andreani et al. lors de la coculture d'amibes de l'espèce Acanthamoeba castellanii avec divers échantillons environnementaux d'Algérie[2],[3].

Description

Les virions (particules virales) du genre Alphacedratvirus atteignent une longueur de 1 à 1,2 µm et un diamètre allant jusqu'à 0,5 µm. De forme ovoïde, ils sont similaires à ceux d'Alphapithovirus sibericum ; ils possèdent une enveloppe à deux couches. L'épaisseur de l'enveloppe du virion varie selon les stades du cycle infectieux : aux premiers stades de l'infection, la couche externe a une épaisseur de 40 ± 5 nm, puis passe à 55 ± 5 nm. Ces modifications peuvent être provoquées par l'incorporation de particules virales dans les phagosomes et les vacuoles de l'amibe, ainsi que par la destruction progressive des virions après la libération de l'ADN viral dans le cytoplasme de la cellule. Comme chez Alphapithovirus sibericum, l'ADN pénètre dans le cytoplasme par une ouverture spéciale (ostiole) dans la capside du virion[2].

Le génome du genre Alphacedratvirus est une molécule d'ADN circulaire double brin (ADNdb) d'une longueur de 589 068 pb[6]. La teneur en GC du génome est de 42,6 %. Malgré la similarité morphologique des virions avec ceux du genre Alphapithovirus, le génome du Cedratvirus A11 est 20 965 pb[6] et environ 97 000 pb plus court que celui d'Alphapithovirus sibericum et d'Alphapithovirus massiliense, respectivement. Aucune séquence palindromique n'a été trouvée dans le génome des membres du genre Alphacedratvirus, mais 27 régions de répétition possibles ont été identifiées.

Le génome du Cedratvirus A11 code 574 protéines, soit plus que ceux du genre Alphapithovirus (425 chez Alphapithovirus sibericum)[6]. Aucun gène d'ARNt n'a été trouvé dans le génome.
Parmi ces protéines :

  • 177 n'admettent aucun homologue ;
  • 258 sont homologues à des protéines d'autres virus ;
  • 108 sont homologues à des protéines eucaryotes
  • seulement 31 à des protéines procaryotes.

Parmi les protéines virales, 84,1 % sont homologues à celles du Pithovirus. Des protéines homologues d'origine eucaryote existent chez l'amibe hôte A. castellanii, ainsi que chez l'algue verte Micromonas pusilla (ca) et l'algue brune Ectocarpus siliculosus.

De nombreux gènes codants du genre Alphacedratvirus sont impliqués dans des processus spécifiques aux virus géants : par exemple, les gènes de synthèse des acides aminés aromatiques et le gène de la déshydrogénase du D-3-phosphoglycérate ont été identifiés. Deux copies du gène de la ribonucléase III et un homologue distant du gène de la ribonucléase H ont également été identifiés[2].

Cycle de réplication

Le cycle d'infection des virus géants du genre Alphacedratvirus débute classiquement : les virions sont phagocytés par les amibes et pénètrent dans les phagosomes et les vacuoles. Après la fusion de la membrane virale interne et de la membrane vacuolaire, l'ADN viral pénètre dans le cytoplasme. Apparemment, une seule couche de la capside bicouche est impliquée dans la libération de l'ADN. Plusieurs particules virales vides, dépourvues d'ADN, sont détectables dans le cytoplasme. Quatre heures après l'infection, une usine à virus apparait dans le cytoplasme de la cellule. Deux à quatre heures plus tard, des virions matures y sont détectables, tandis que la formation de nouvelles particules se poursuit. Dix heures après l'infection de la culture, certaines cellules se dégradent et libèrent des particules virales, et 24 heures après l'infection, la culture est complètement lysée[2].

Systématique

La famille Cedratviridae, rétrogradée depuis en sous-famille Orthocedratvirinae, a été définie par Claire Bertelli et al. en 2017[7]. Quatre espèces ont été définies :

  • Alphacedratvirus aljazairmassiliense
  • Alphacedratvirus brasiliense
  • Alphacedratvirus francolausannense
  • Alphacedratvirus rossiense

Historique

On a d'abord rapproché le Cedratvirus A11 d'Alphapithovirus sibericum et d'Alphapithovirus massiliense classant les deux genres à la même famille, les Pithoviridae[2]. Depuis, l'ICTV a introduit la famille les Cedratviridae, en 2024 (de même qu'une famille distincte, les Orpheoviridae, a été créée pour le nouveau genre Alphaorpheovirus[1]), puis la sous-famille des Orthocedratvirinae en 2025.

En 2017, la découverte d'une nouvelle espèce du genre est annoncée : Alphacedratvirus franciense (regroupant le Cedratvirus lausannensis et le Cedratvirus zaza, découvert plus tard), qui présente également des affinités étroites avec le genre Alphapithovirus. Le Cedratvirus lausannensis a été trouvé dans un échantillon d'eau utilisé pour l'irrigation des plantes en France[7].

En 2018, un troisième représentant du genre a été décrit, découvert au Brésil – Cedratvirus getuliensis alias Brazilian cedratvirus (espèce Alphacedratvirus brasiliense)[8]. L'analyse phylogénétique de 2018 a montré que le virus brésilien forme une branche évolutive distincte dans le genre Cedratvirus[9]. Complétée par des données provisoires (ci-dessous entre guillemets), la taxonomie présumée de la sous-famille élargie des Orthocedratvirinae devient (au 22 mars 2025)[1],[10],[11],[12] :

  • Genre : Alphacedratvirus (= Cedratvirus[13])
    • Espèce : Alphacedratvirus aljazairmassiliense (ex Alphacedratvirus aljazairense)
    • Espèce : Alphacedratvirus brasiliense
      • Cedratvirus getuliensis (460 038 bp)[14]
    • Espèce : Alphacedratvirus francolausannense (ex Alphacedratvirus franciense)
      • Cedratvirus lausannensis (CDVL)
      • Cedratvirus lausannensis CRIB-75[5]
      • Cedratvirus Zaza IHUMI (IHUMI-S29)
        • Cedratvirus Zaza IHUMI-S29[5]
    • Espèce : Alphacedratvirus rossiense
      • Cedratvirus kamchatka (CDVK)[5],[15]
        • Cedratvirus kamchatka P4
    • Espèce : (non nommée)
      • Cedratvirus borely AA
    • Espèce : "Cedratvirus Ce2-1"
    • Espèce : "Cedratvirus Ce7-1"
    • Espèce : (non nommée)[15]
      • Cedratvirus duvanny souche DY1
    • Espèce : (non nommée)[15]
      • Cedratvirus lena DY0
    • Espèce : „Cedratvirus N38“[16],[5]
    • Espèce : "Cedratvirus pambiense"
      • Cedratvirus pambiensis Cdv 85.6
    • Espèce : (non nommée)
      • Cedratvirus plubellavi AB

Références

  1. « Current ICTV Taxonomy Release | ICTV », sur ictv.global (consulté le )
  2. (en) Julien Andreani, Sarah Aherfi, Jacques Bou Khalil et Fabrizio Di Pinto, « Cedratvirus, a Double-Cork Structured Giant Virus, is a Distant Relative of Pithoviruses », Viruses, vol. 8, no 11,‎ , p. 300 (ISSN 1999-4915, PMID 27827884, PMCID 5127014, DOI 10.3390/v8110300, lire en ligne, consulté le )
  3. (en) Julien Andreani, Jonathan Verneau, Didier Raoult et Anthony Levasseur, « Deciphering viral presences: two novel partial giant viruses detected in marine metagenome and in a mine drainage metagenome », Virology Journal, vol. 15, no 1,‎ (ISSN 1743-422X, PMID 29636072, PMCID 5891951, DOI 10.1186/s12985-018-0976-9, lire en ligne, consulté le )
  4. ↑ (en) Ana Cláudia dos S. P. Andrade, Thalita S. Arantes, Rodrigo A. L. Rodrigues et Talita B. Machado, « Ubiquitous giants: a plethora of giant viruses found in Brazil and Antarctica », Virology Journal, vol. 15, no 1,‎ (ISSN 1743-422X, PMID 29368617, PMCID 5784613, DOI 10.1186/s12985-018-0930-x, lire en ligne, consulté le )
  5. (en) Hadjer Boudjemaa, Julien Andreani, Idir Bitam et Bernard La Scola, « Diversity of Amoeba-Associated Giant Viruses Isolated in Algeria », Diversity, vol. 12, no 6,‎ , p. 215 (ISSN 1424-2818, DOI 10.3390/d12060215, lire en ligne, consulté le )
  6. Disa Bäckström, Natalya Yutin, Steffen L. Jørgensen et Jennah Dharamshi, « Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism », mBio, vol. 10, no 2,‎ , p. 10.1128/mbio.02497–18 (DOI 10.1128/mbio.02497-18, lire en ligne, consulté le )
  7. (en) Claire Bertelli, Linda Mueller, Vincent Thomas et Trestan Pillonel, « Cedratvirus lausannensis – digging into Pithoviridae diversity », Environmental Microbiology, vol. 19, no 10,‎ , p. 4022–4034 (ISSN 1462-2912 et 1462-2920, DOI 10.1111/1462-2920.13813, lire en ligne, consulté le )
  8. ↑ (en) Ludmila Karen dos Santos Silva, Ana Cláudia dos Santos Pereira Andrade, Fábio Pio Dornas et Rodrigo Araújo Lima Rodrigues, « Cedratvirus getuliensis replication cycle: an in-depth morphological analysis », Scientific Reports, vol. 8, no 1,‎ (ISSN 2045-2322, PMID 29507337, PMCID 5838162, DOI 10.1038/s41598-018-22398-3, lire en ligne, consulté le )
  9. ↑ (en) Rodrigo Araújo Lima Rodrigues, Julien Andreani, Ana Cláudia dos Santos Pereira Andrade et Talita Bastos Machado, « Morphologic and Genomic Analyses of New Isolates Reveal a Second Lineage of Cedratviruses », Journal of Virology, vol. 92, no 13,‎ (ISSN 0022-538X et 1098-5514, DOI 10.1128/JVI.00372-18, lire en ligne, consulté le )
  10. ↑ Victória Fulgêncio Queiroz, Rodrigo Araújo Lima Rodrigues, Jônatas Santos Abrahão: Create 3 new families, 3 genera, and 7 new species within the order Pimascovirales (phylum Nucleocytoviricota). Proposal 2023.011F, June 2023 (Modèle:EnS).
  11. ↑ « Virus Metadata Resource (VMR) | ICTV », sur ictv.global (consulté le )
  12. ↑ taxonomy, « Taxonomy browser (search for *Cedratvirus *) », sur www.ncbi.nlm.nih.gov (consulté le )
  13. ↑ Julien Andreani, Jacques Jacques Yaacoub Khalil, Emeline Baptiste et Issam Hasni, « Orpheovirus IHUMI-LCC2: A New Virus among the Giant Viruses », Frontiers in Microbiology,‎ (ISSN 1664-302X, DOI 10.3389/fmicb.2017.02643)
    Zitat: “… we recently described a new virus Cedratvirus A11 (Andreani et al., 2016) a possible new genus in the putative Pithoviridae family”
  14. Clara Rolland, Julien Andreani, Amina Cherif Louazani, Sarah Aherfi, Rania Francis, Rodrigo Rodrigues, Ludmila Santos Silva, Dehia Sahmi, Said Mougari, Nisrine Chelkha, Meriem Bekliz, Lorena Silva, Felipe Assis, Fábio Dornas, Jacques Yaacoub Bou Khalil, Isabelle Pagnier, Christelle Desnues, Anthony Levasseur, Philippe Colson, Jônatas Abrahão, Bernard La Scola: Discovery and Further Studies on Giant Viruses at the IHU Mediterranee Infection That Modified the Perception of the Virosphere. In: Viruses, Band 11, Nr. 4, März/April 2019, pii: E312; doi:10.3390/v11040312, PMC 6520786, PMID 30935049, MDPI (Modèle:EnS).
  15. Jean-Marie Alempic, Audrey Lartigue, Artemiy E. Goncharov, Guido Gros​se, Jens Strauss, Alexey N. Tikhonov, Alexander N. Fedorov, Olivier Poirot, Matthieu Legendre, Sébastien Santini, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie: An Update on Eukaryotic Viruses Revived from Ancient Permafrost . In: MDPI: Viruses, Band 15, Nr. 2, S. 564, Special Issue Research Progresses of Giant Viruses; doi:10.3390/v15020564. Dazu:
  16. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Cedratvirus N38 (species).
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