Lors de la saison 2017, Natan Gregorčič se distingue en obtenant une vingtaine de victoires. Il devient notamment champion de Slovénie sur route[1],[2] et sur piste, dans sa tranche d'âge[2]. Quelques années plus tard, il remporte de nouveaux titres de champion de Slovénie chez les juniors. Il est aussi régulièrement sélectionné en équipe nationale. Sous les couleurs de son pays natal, il obtient diverses places d'honneur dans des compétitions internationales. Il participe également aux championnats du monde juniors en 2022[3].
Pour ses débuts espoirs, il intègre l'équipe continentale Ljubljana Gusto Santic, qui évolue sous licence slovène. Toujours actif dans les vélodromes, il s'impose à plusieurs reprises aux championnats de Slovénie sur piste, chez les élites. Il finit par ailleurs troisième du contre-la-montre espoir et du critérium aux championnats nationaux sur route en 2024.