LSID

Identifiants des sciences de la vie

Les identifiants des sciences de la vie (LSID, pour l'anglais life science identifiers[1],[2]) sont un moyen de nommer et de localiser des informations sur le Web. Essentiellement, un LSID est un identifiant unique pour certaines données, et le protocole LSID spécifie un moyen standard de localiser les données (ainsi qu'un moyen standard de décrire ces données). Ils sont un peu comme des DOI utilisés par de nombreux éditeurs.

Un LSID est représenté comme un nom uniforme de ressource (URN) avec le format suivant:

  • URN: LSID: ⟨Authority⟩: ⟨Namespace⟩: ⟨objectId⟩ [: ⟨version⟩]

L'espace de nom LSID:, cependant, n'est pas enregistré auprès de l'Internet Assigned Numbers Authority (IANA), et ce ne sont donc pas strictement des URNs ou des URIs[3].

Les LSID peuvent être résolus dans les URL, par le site ZooBank, par exemple http://zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:cdc8d258-8f57-41dc-bb-b560-247e17d3dc8c[4]

Controverse sur l'utilisation des LSID

Il y a eu beaucoup d'intérêt pour les LSID dans les communautés bioinformatiques et dans les communautés de la biodiversité, ce dernier continuant à les utiliser comme moyen d'identifier les espèces dans les catalogues mondiaux[5]. Cependant, plus récemment, car la compréhension a augmenté de la façon dont HTTP URI peut effectuer une tâche de dénomination similaire[6],[7]. L'utilisation des LSID comme identifiants a été critiquée[8] comme violant la bonne pratique de l'architecture Web de réutiliser les schémas URI existants[9]. Néanmoins, la séparation explicite des données des métadonnées; Spécification d'une méthode pour découvrir plusieurs emplacements pour le rétrogé des données; et la capacité de découvrir plusieurs sources indépendantes de métadonnées pour toute chose identifiée étaient des parties cruciales du LSID et sa spécification de résolution qui n'ont pas été imitées avec succès par une approche HTTP uniquement.

Le World Wide Web fournit un cadre de communication distribué à l'échelle mondiale qui est essentiel pour presque toute la collaboration scientifique, y compris la bioinformatique. Cependant, plusieurs limites et insuffisances existaient, dont l'un était l'incapacité d'identifier par programme d'identifier les objets nommés localement qui peuvent être largement distribués sur le réseau. Cette lacune perçue aurait limité notre capacité à intégrer plusieurs bases de connaissances, chacune donnant des informations partielles d'un domaine partagé, comme on le voit couramment en bioinformatique. L'identifiant des sciences de la vie (LSID) et le système de résolution LSID (LSR) ont été conçus pour fournir des solutions simples et élégantes à ce problème, conformément à la toile sémantique et au réseau sémantique de nouvelle génération, basé sur l'extension des technologies Internet existantes. Cependant, plus récemment, il a été souligné que certaines de ces lacunes perçues ne sont pas intrinsèques aux URI HTTP, et beaucoup (mais pas toutes) des fonctionnalités que les LSID fournissent peuvent être obtenues en utilisant des uris HTTP correctement conçus[6].

Identificateurs alternatifs pour les organismes

Des identifiants alternatifs ont été proposés pour les organismes, par ex. le système DOI. NamesForLife (N4L), une entreprise privée, a créé un système pour appliquer des DIS aux organismes. Par exemple, DOI: 10.1601 / nm.3093 est le doi pour Escherichia coli, et doi: 10.1601 / tx.3093 est le taxon correspondant[10].

Voir aussi

Voir aussi en anglais

  • MicroArray and Gene Expression (en)
  • International Geo Sample Number (en)
  • SciCrunch (en)

Liens externes

Notes et références

Notes

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « LSID » (voir la liste des auteurs).

Références

  1. ↑ Clark T., Martin S., Liefeld T. Briefings in Bioinformatics 5.1:59-70, March 1, 2004.
  2. ↑ Robin Cover, « OMG Life Sciences Identifiers Specification (LSID) », sur xml.coverpages.org (consulté le )
  3. ↑ « GitHub - tdwg/wiki-archive: Archive of the TDWG wiki. »,
  4. ↑ « Heidari, Naghi, Nasrullah Rastegar-Pouyani, Eskandar Rastegar-Pouyani & Mehdi Rajabizadeh. 2013. A new species of Acanthodactylus Fitzinger 1834 (Sauria: Lacertidae) from southern Iran », sur ZooBank (consulté le ).
  5. ↑ Andrew C. Jones, Richard J. White et Ewen R. Orme, « Identifying and relating biological concepts in the Catalogue of Life », Journal of Biomedical Semantics, vol. 2, no 1,‎ , p. 7 (ISSN 2041-1480, PMID 22004596, PMCID 3245425, DOI 10.1186/2041-1480-2-7 )
  6. « Converting New URI Schemes or URN Sub-Schemes to HTTP URIs », sur dbooth.org (consulté le )
  7. ↑ « A precedent suggesting a compromise for the SWHCLS IG Best Practices from Henry S. Thompson on 2006-07-26 (public-semweb-lifesci@w3.org from July 2006) », sur lists.w3.org (consulté le )
  8. ↑ « My conversation with Sean Martin about LSIDs from noah_mendelsohn@us.ibm.com on 2006-07-25 (www-tag@w3.org from July 2006) », sur lists.w3.org (consulté le )
  9. ↑ « Architecture of the World Wide Web, Volume One », sur www.w3.org (consulté le )
  10. ↑ George M. Garrity et Catherine Lyons, « Future-Proofing Biological Nomenclature », OMICS: A Journal of Integrative Biology, vol. 7, no 1,‎ , p. 31–33 (PMID 12831553, DOI 10.1089/153623103322006562, lire en ligne )
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