Juan Pablo Zapata est originaire de Tuluá, dans le département de Valle del Cauca. Il commence le cyclisme à l'âge de sept ans. Durant ses débuts, il obtient ses premiers résultats notables en VTT[1],[2]. Il est notamment troisième du championnat panaméricain de cross-country juniors en 2017, ou encore multiple champion national de Colombie. Grâce à ses performances, il représente son pays dans diverses éditions des championnats du monde. Il participe également aux Jeux olympiques de la jeunesse en 2018.
Au début des années 2020, il s'oriente vers les compétitions sur route et sur piste. Sélectionné en équipe nationale, il se spécialise en particulier dans la poursuite par équipes. Dans cette discipline, il termine premier d'une manche de la Coupe des Nations à Cali en 2021, sous les couleurs de la délégation colombienne[3]. L'année suivante, il remporte la médaille d'or aux Jeux sud-américains et aux Jeux bolivariens. Il s'adjuge par ailleurs la médaille d'argent aux championnats panaméricains de 2022 et 2023.