Au cours de sa carrière, Jonathan Carballo se classe notamment troisième du championnat du Costa Rica sur route en 2012. Il réalise aussi de bonnes performances sur le Tour du Costa Rica. En 2005, il remporte une étape de cette course. Il termine par ailleurs dixième de l'édition 2008, ou encore neuvième de l'édition 2015. Également actif en VTT, il a obtenu diverses médailles dans cette discipline aux championnats nationaux. En 2014, il finit deuxième du championnat panaméricain de cross-country marathon.
Dans les années 2020, il continue de participer à des compétitions cyclistes, tout en exerçant le métier de poissonnier[1]. En juin 2025, il parvient à prendre la septième place du championnat du Costa Rica sur route, à plus de 42 ans[2].