David Sankoff

David Sankoff
David Sankoff durant la conférence "Models and Algorithms for Genome Evolution", en 2013, Bromont, Québec.

Naissance
Montréal, Québec (Canada)
Nationalité  Canadien
Domaines Biochimie, bio-informatique
Institutions Université d'Ottawa
Université de Montréal
Centre de recherches mathématiques
Institut canadien de recherches avancées
Institut national de la statistique de Papouasie-Nouvelle-Guinée [1]
Diplôme Université McGill B.Sc. (1963), M.Sc. (1965), Ph.D. (1969)
Directeur de thèse David Andrew Dawson
Renommé pour Variable rules analysis
Alternance de code linguistique
Alignement de séquences
Structure secondaire
Bio-informatique
Distinctions Membre honoraire de la Société royale du Canada, 1995
Chaire de recherche du Canada,2002-2016
Fellow, International Society for Computational Biology, ISCB Senior Scientist Accomplishment Award, 2003
Weldon Memorial Prize, 2004

David Sankoff, né le , est un mathématicien, bioinformaticien, informaticien et linguiste canadien. Professeur au département de mathématiques et statistiques de l'Université d'Ottawa, détient la chaire de recherche du Canada en génomique mathématique, tout en étant membre du département de biologie et de l'école des sciences de l'information. Il a lancé la revue scientifique "Language Variation and Change" (Cambridge) et est membre des comités éditoriaux de plusieurs revues scientifiques dans les domaines de la bioinformatique, de la biologie computationnelle et de la linguistique. David Sankoff est reconnu comme un pionnier en linguistique computationnelle et en génomique computationnelle, et comme l'un des pères fondateurs de la bioinformatique. Il a notamment joué un rôle important dans l'introduction de la programmation dynamique[2] pour la résolution de problèmes comme l'alignement de séquences. Il a également été à l’origine des recherches sur le repliement des ARN, la reconstruction phylogénétique, les réarrangements génomiques, et bien des aspects de la génomique comparative. Selon Pavel Pevzner, Sankoff et Michael Waterman ont transformé la bioinformatique d'une ‘collection des timbres' de problèmes mal définis à une discipline rigoreuse avec des applications biologiques importantes[3]. Il a été l'époux de la sociolinguiste Gillian Sankoff.

Carrière académique

David Sankoff publie son premier article scientifique en 1963[4] alors qu'il est étudiant en mathématiques à l'Université McGill. Dès son doctorat, il formalise rigoureusement plusieurs concepts importants en socio-linguistique et en linguistique historique, comme la glottochronologie[5].

Après avoir obtenu son doctorat en mathématiques, David Sankoff obtient un premier poste à l'Université de Montréal en 1969. En 1971, il met au point la première version de l'algorithme de l'algorithme de Needleman-Wunsch ayant une complexité en temps quadratique[6]. En 1973, avec Robert Cedergren, David Sankoff mit au point une méthode d'estimation conjointe d'un alignement de séquences et d'un arbre phylogénétique[7], posant ainsi les bases de la génomique comparative. En 1980, Robert Cedergren et David Sankoff fondent le premier groupe de recherche en bioinformatique a l'Université de Montréal[8]. David Sankoff travaille sur des problèmes de structure secondaire, réarrangement de génomes, alignement de séquences, évolution des génomes et de phylogénétique[9].

Prix

Références

  1. ↑ :(en) David Sankoff, In Meyerhoff, Miriam and Naomi Nagy (eds.), Social Lives in Language – Sociolinguistics and multilingual speech communities: Celebrating the work of Gillian Sankoff (pp. 179–194), Amsterdam, John Benjamins, (lire en ligne), « How to Predict the Evolution of a Bilingual Community »
  2. ↑ D. Sankoff, « The early introduction of dynamic programming into computational biology », Bioinformatics, vol. 16, no 1,‎ , p. 41–47 (PMID 10812476, DOI 10.1093/bioinformatics/16.1.41 )
  3. ↑ M. Maisel, « ISCB Honors Michael S. Waterman and Mathieu Blanchette », PLOS Computational Biology, vol. 2, no 8,‎ , e105 (PMCID 1526462, DOI 10.1371/journal.pcbi.0020105 , Bibcode 2006PLSCB...2..105M)
  4. ↑ J. D. Friesen, D. Sankoff et L. Siminovitch, « Radiobiological Studies of Vaccinia Virus », Virology, vol. 21, no 3,‎ , p. 411–424 (PMID 14081366, DOI 10.1016/0042-6822(63)90203-4)
  5. ↑ David Sankoff, « On the rate of replacement of word-meaning relationships », Language, vol. 46, no 3,‎ , p. 564-569 (lire en ligne)
  6. ↑ D. Sankoff, « Matching sequences under deletion-insertion constraints », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 69, no 1,‎ , p. 4–6 (PMID 4500555, PMCID 427531)
  7. ↑ D Sankoff, C. Morel et R. J. Cedergren, « Evolution of 5S RNA and the non-randomness of base replacement », Nature New Biology, vol. 245,‎ , p. 232-234 (PMID 4201431)
  8. ↑ « History of the Robert Cedergren Centre », sur centrerc.umontreal.ca (consulté le )
  9. ↑ « ISCB Senior Scientist Award to Sankoff », sur iscb.org (consulté le )
  10. ↑ « Prix Acfas Thérèse Gouin-Décarie (Prix Marcel-Vincent avant 2013) », sur Acfas PRIX, (consulté le )
  11. ↑ « David Sankoff - Excellence in Research Award », sur research.uottawa.ca (consulté le )

Liens externes

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