Virus de l'œdème des pousses du cacaoyer

Virus de l'œdème des
pousses du cacaoyer
Pousses de cacaoyer gonflées par le virus.
Classification
Groupe Groupe VII - Pararétrovirus à ADN double brin
Famille Caulimoviridae
Genre Badnavirus

Espèce

Cacao swollen-shoot virus
Posnette (d), 1947

Le swollen shoot est une maladie virale du cacaoyer qui se développe de manière endémique en Afrique de l’Ouest[1]. Le Virus de l'œdème des pousses du cacaoyer (CSSV, Cacao swollen-shoot virus) est une espèce de phytovirus du genre Badnavirus (famille des Caulimoviridae) qui affecte principalement le cacaoyer (Theobroma cacao). Le virion, bacilliforme, a un génome constitué d'ADN double brin.

L'un des symptômes visibles sur le cacaoyer est le gonflement des jeunes pousses.

Dénomination

En français 'Virus du swollen shoot du cacaoyer' est usuel.

L’origine du nom de cette maladie est liée aux gonflements des rameaux qui constituent l’un de ses symptômes caractéristiques. Mais, cette maladie provoque aussi des bandes rouges et des mosaïques le long des nervures des feuilles ainsi qu’une sévère défoliation. Il s’ensuit une baisse rapide de la production et une chute spectaculaire du rendement. Finalement l’arbre meurt au bout de trois à cinq ans après le début de l’infection[1].

Le mycologue Stevens étudie cette maladie en 1936, il la nomme Swollen Shoot (pousses enflées). En 1943, Henri Alibert entreprend une prospection des plants de cacao ivoiriens atteints. Il publie en 1946 une Note préliminaire sur une nouvelle maladie du cacaoyer le «Swollen shoot»[2]. Le virus est décrit en 1941[3] et 1947 par Adrian Frank Posnette (d) (1914-2004).

Occurrence

Ce virus, présent seulement en Afrique occidentale, particulièrement en Côte d'Ivoire et au Ghana. Il est transmis aux cacaoyers, selon un mode semi-persistant, par diverses espèces de cochenilles. Le swollen shoot est transmis par des plusieurs espèces de cochenille : Formicococcus njalensis (Laing), Pseudococcus longispinus, Pseudococcus hargreavesi (Laing), Planococcus kenyae, Planococcus citri, et Ferrisia virgata (Cockerell) (Dufour, 1991). Ces insectes se déplacent lentement, mais peuvent être transportés par plusieurs espèces de fourmis[4]. Le virus n'est pas présent en Amérique, continent d'origine du cacaoyer et n'a donc commencé à frapper cet arbre qu'à partir du XIXe siècle lors de son introduction au Ghana[5].

Le virus semblait avoir disparu dans les années 1950 en Côte d'Ivoire, mais y a ressurgi en 2003[6].

Systématique et phylogénie

Les badnavirus de la maladie du gonflement des pousses du cacaoyer (CSSD) constituent un complexe d'espèces, En 2024, le virus du gonflement des pousses du cacaoyer Togo B (CSSTBV) ( n = 588 séquences) est le plus répandu et le plus largement distribué par rapport aux autres espèces de CSSD. L'espèce CE du cacao swollen shoot (CSSCEV) représentait la deuxième espèce la plus répandue, des isolats CSSCEV présentent la divergence de séquence mp la plus importante parmi les cinq espèces de virus CSSD identifiées en Côte d'Ivoire et au Ghana.

George A. Ameyaw et al. (2024) ont établi des phylogénies montrant une forte diversité[7].

Ihsan Ullah et al. (2023) écrivent «7 espèces associées à la maladie du virus du gonflement des pousses du cacaoyer (CSSV) sont répandues en Afrique de l'Ouest et provoquent une perte de productivité importante. Une autre espèce, le virus bacilliforme du cacaoyer du Sri Lanka (CBSLV) a été signalée au Sri Lanka (2018 ). De plus, deux nouvelles espèces de badnavirus appelées virus de la mosaïque douce du cacao (CaMMV) et virus des bandes veineuses jaunes du cacao (CYVBV), qui provoquent des symptômes légers, ont été identifiées chez des cacaoyers cultivés dans l'hémisphère occidental (2017 et 2021). Ces deux espèces ont également été récemment signalées chez des arbres asymptomatiques dans le germplasme du cacaoyer au Royaume-Uni (2021). Le CaMMV a également été récemment détecté en Asie du Sud-Est»[8].

En 2025 Gabriel Victor Pina Rodrigues et al. identifient une espèce nouvelle de badnavirus du cacaoier et dix nouveaux virus putatifs associés au microbiome du cacao. Ils étendent la zone d'occurrence à la Guyane française et donnent la séquence virale dans des régions géographiques supplémentaires telles que les États-Unis et la Colombie[9].

Espèces admises de Virus de l'œdème des pousses du cacaoyer

  • Badnavirus alphainflatheobromae, Cacao swollen shoot CD virus,
  • Badnavirus betainflatheobromae, Cacao swollen shoot CE virus,
  • Badnavirus deltainflatheobromae, Cacao swollen shoot Ghana N virus,
  • Badnavirus epsiloninflatheobromae, Cacao swollen shoot Ghana Q virus,
  • Badnavirus etainflatheobromae, Cacao swollen shoot Togo B virus,
  • Badnavirus gammainflatheobromae, Cacao swollen shoot Ghana M virus,
  • Badnavirus tetainflatheobromae, Cacao swollen shoot Ghana T virus,
  • Badnavirus theobromae, Cacao bacilliform Sri Lanka virus, Virus bacilliforme du cacaoyer du Sri Lanka
  • Badnavirus thetavirgamusae, Banana streak UM virus,
  • Badnavirus venatheobromae, Cacao yellow vein banding virus, Virus des bandes veineuses jaunes du cacao (CYVBV)
  • Badnavirus zetainflatheobromae, Cacao swollen shoot Togo A virus

Prévention

George A. Ameyaw et al. (2024) recommandent la détection précoce puis l'élimination et le remplacement des plantes infectés par des génotypes indemnes de virus et tolérants à la CSSD[10].

Bibliographie

  • Emmanuelle Muller - Cirad (évaluateur), Analyse de Risque Phytosanitaire (Antilles) - Cacao swollen shoot virus. CAC-v1 2004[11].
  • Ihsan Ullah et Jim M. Dunwell. Bioinformatic, genetic and molecular analysis of several badnavirus sequences integrated in the genomes of diverse cocoa (Theobroma cacao L.) germplasm. Saudi Journal of Biological Sciences; vol 30, N° 5, Mai 2023[12].
  • Gabriel Victor Pina Rodrigues, João Pedro Nunes Santos, Lucas Yago Melo Ferreira, Lucas Barbosa de Amorim Conceição, Joël Augusto Moura Porto, Éric Roberto Guimarães Rocha Aguiar. Theobroma cacao Virome: Exploring Public RNA-Seq Data for Viral Discovery and Surveillance. Viruses n°17 avril 2025[9].

Notes et références

  1. Kouakou Koffié, Kébé BI, Kouassi N, Anno AP, Aké S, Muller E., « Impact de la maladie virale du swollen shoot du cacaoyer sur la production de cacao en milieu paysan à Bazré (Côte d’Ivoire) », Journal of Applied Biosciences 43: 2947 – 2957,‎ , p. 2947-2957 (lire en ligne [PDF])
  2. ↑ P. Monnier, « Une nouvelle maladie à virus du Cacaoyer en Afrique occidentale : le Swollen-Shoot. », Journal d'agriculture traditionnelle et de botanique appliquée, vol. 26, no 283,‎ , p. 166–173 (DOI 10.3406/jatba.1946.1897, lire en ligne, consulté le )
  3. ↑ https://www.cabidigitallibrary.org/doi/full/10.5555/19420500156
  4. ↑ ORO Franck, MULLER Emmanuelle, BONNOT François, DUFOUR Bernard, WEGBE Komlan et CILAS Christian, « Analyse spatio-temporelle de la progression du Cacao Swollen Shoot Virus à l’échelle de parcelles cacaoyères », 17th International Cocoa Research Conference (ICRC-COPAL),‎ (lire en ligne [PDF])
  5. ↑ Jacques Barnouin, Ivan Sache et al. (préf. Marion Guillou), Les maladies émergentes : Épidémiologie chez le végétal, l'animal et l'homme, Quæ, coll. « Synthèses », , 444 p. (ISBN 978-2-7592-0510-3, ISSN 1777-4624, lire en ligne), V. Barrière d'espèces et émergences virales, chap. 27 (« L'émergence de maladies virales chez les plantes : des situations variées et des causes multiples »), p. 285, accès libre.
  6. ↑ (Abrokwah, Dzahini-Obiatey et etc 2012)
  7. (en) George A. Ameyaw, Koffié Kouakou, Mohammed Javed Iqbal et Luc Belé, « Molecular Surveillance, Prevalence, and Distribution of Cacao Infecting Badnavirus Species in Côte d’Ivoire and Ghana », Viruses, vol. 16, no 5,‎ , p. 735 (ISSN 1999-4915, PMID 38793617, PMCID 11126031, DOI 10.3390/v16050735, lire en ligne, consulté le )
  8. Ihsan Ullah et Jim M. Dunwell, « Bioinformatic, genetic and molecular analysis of several badnavirus sequences integrated in the genomes of diverse cocoa (Theobroma cacao L.) germplasm », Saudi Journal of Biological Sciences, vol. 30, no 5,‎ , p. 103648 (ISSN 1319-562X, PMID 37131491, PMCID 10149277, DOI 10.1016/j.sjbs.2023.103648, lire en ligne, consulté le )
  9. (en) Gabriel Victor Pina Rodrigues, João Pedro Nunes Santos, Lucas Yago Melo Ferreira et Lucas Barbosa de Amorim Conceição, « Theobroma cacao Virome: Exploring Public RNA-Seq Data for Viral Discovery and Surveillance », Viruses, vol. 17, no 5,‎ , p. 624 (ISSN 1999-4915, DOI 10.3390/v17050624, lire en ligne, consulté le )
  10. ↑ (en) George A. Ameyaw, Koffié Kouakou, Mohammed Javed Iqbal et Luc Belé, « Molecular Surveillance, Prevalence, and Distribution of Cacao Infecting Badnavirus Species in Côte d’Ivoire and Ghana », Viruses, vol. 16, no 5,‎ , p. 735 (ISSN 1999-4915, PMID 38793617, PMCID 11126031, DOI 10.3390/v16050735, lire en ligne, consulté le )
  11. ↑ https://agritrop.cirad.fr/522254/1/ID522254.pdf
  12. ↑ Ihsan Ullah et Jim M. Dunwell, « Bioinformatic, genetic and molecular analysis of several badnavirus sequences integrated in the genomes of diverse cocoa (Theobroma cacao L.) germplasm », Saudi Journal of Biological Sciences, vol. 30, no 5,‎ , p. 103648 (ISSN 1319-562X, PMID 37131491, PMCID 10149277, DOI 10.1016/j.sjbs.2023.103648, lire en ligne, consulté le )

Annexes

Articles connexes

Bibliographie

  • (en) Francis Abrokwah, Henry Dzahini-Obiatey, Isaac Galyuon et Francis Osae-Awuku, « Geographical Distribution of Cacao swollen shoot virus Molecular Variability », Plant Disease, The American Phytopathological Society, vol. 96, no 10,‎ , p. 1445-1450 (DOI 10.1094/PDIS-09-11-0749-RE, lire en ligne).
  • (en) Christian Andres, Raphael Hoerler, Robert Home, Jonas Joerin, Henry K.Dzahini-Obiatey, et al., « Social network to inform and prevent the spread of cocoa swollen shoot virus disease in Ghana », Agronomy for Sustainable Development, INRA & Springer-Verlag, vol. 38, no 53,‎ (DOI 10.1007/s13593-018-0538-y, lire en ligne).

Liens externes


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